東証株価指数（TOPIX）などと同様
マザーズ市場の成長とともにマザーズ市場全体の値動きを表す指標が求められるようになり、2003年9月よりマザーズ市場にマザーズ指数が導入されました。マザーズ指数は時価総額加重型の指数であり、東証株価指数（TOPIX）などと同様に年金やファンドなどの資産運用のベンチマークとして利用するのに便利です。
東証マザーズ市場では、今後の成長が期待される新興企業の早期上場を可能にするため、東証一部や東証二部と比較して上場審査書類が簡略化され上場審査期間も短縮されています。現在のマザーズ市場の上場株式数は約190社で、最近ではUSJも上場しています。
マザーズ指数はマザーズ市場に上場されている国内普通株式を対象として計算され、外国株、新株予約権や優先株式は計算の対象外です。マザーズ指数は株価に浮動株基準の株式数を掛けて算出した時価総額に対し、2003年9月12日のマザーズ市場の時価総額を1000とした場合の比率で表されます。
マザーズ指数は日本の株式市場が14年ぶりの底値をつけた2003年4月から2004年7月までは上昇トレンドに入り、2004年12月までは下落トレンドに入りました。2005年は横ばいでしたが2005年末から急上昇し、2006年1月のライブドア事件を機に現在（2007年3月）まで下落トレンドが続いています。
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